Upskill with Tech Giants for Free!

Class Central is learner-supported. When you buy through links on our site, we may earn an affiliate commission.

Saint Petersburg State University

Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)

Saint Petersburg State University via Coursera

Go to class Write review

This course may be unavailable.

Overview

Class Central Tips
Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе.


The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.

Syllabus

  • Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)
    • Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем.
      The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from.
  • Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)
    • Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны.
      Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS.
  • Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)
    • На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее.
      This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system.
  • Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)
    • Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами!
      Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!
  • Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)
    • Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для работы со строками.
      Fifth week of our course is devoted to short read alignment to the reference genome, which is used when we work with the already studied organisms. In lectures we will talk about the most popular software for solving such problems, as well as basic algorithms for working with strings.
  • Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)
    • В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.

      In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences.
  • Геномный проект (Genome Project)
    • В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году.
      In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacterial genome, interpret the results and find the cause of the terrible epidemic in Europe in 2011.

Taught by

Алла Лапидус

Tags

Reviews

5.0 rating, based on 3 Class Central reviews

Start your review of Введение в биоинформатику (Introduction to Bioinformatics)

  • Anonymous
    Great opportunity to jump into genomic bioinformatics!
    Unfortunately most of bioinformatics courses are in English
    But not all of us are fluent in foreign languages.
    This course is very clear, full of extremely useful theoretical
    and practical details.
  • Anonymous
    I've taken this course during me bachelor degree, and it was my first course in bioinformatics. This course is focusing on ngs analysis, and cover experimental topics in addition to data analysis
  • Anonymous
    Great course! The most applicable and practical data. Very concentrated information but easily understandable.
    I'm a biologist but not in the field of bioinformatcs, for me it was all clear and very usefull.
Go to class

Never Stop Learning.

Get personalized course recommendations, track subjects and courses with reminders, and more.

Sign up for free