Get started with custom lists to organize and share courses.

Sign up

Class Central is learner-supported. When you buy through links on our site, we may earn an affiliate commission.

Введение в NGS. Часть 1

Bioinformatics Institute via Stepik

Taken this course? Share your experience with other students. Write review

Overview

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества, и многими другими аспектами применения этих технологий.

Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Syllabus

Введение в молекулярную биологию и секвенирование


1.1 Введение


1.2 Основные концепции молекулярной биологии


1.3 Геномы эукариот и прокариот


1.4 Компоненты клетки


1.5 Полимеразная цепная реакция (ПЦР)


1.6 Что такое секвенирование? Секвенирование по Сэнгеру


1.7 NGS: Обзор существующих технологий

 

Основные применения секвенирования


2.1 Введение


2.2 Приготовление типичной NGS-библиотеки


2.3 Три типа применения NGS


2.4 Методы de novo: сборка геномов и транскриптомов


2.5 Методы ресеквенирования в применении к геномам и транскриптомам


2.6 Позиционные методы: MNase-seq, DNase-seq, ATAC-seq


2.7 Позиционные методы: ChIP-seq


2.8 Методы определения 3D-структуры ДНК: 3C, 4C, 5C, Hi-C

Работа с данными NGS: прочтения и контроль качества


3.1 Введение


3.2 Референсные геномы. Форматы FASTA и FASTQ


3.3 Геномные интервалы. Формат BED


3.4 Аннотация геномов. Форматы GTF и GFF


3.5 Контроль качества сырых прочтений: FastQC

Выравнивание, базовые статистики и визуализация геномных данных


4.1 Введение


4.2 Концепция и алгоритмы выравнивания последовательностей


4.3 BLAST и его варианты


4.4 Форматы SAM, BAM и CRAM. Использование samtools


4.5 Статистика выравнивания. Выравнивание на геном и транскриптом


4.6 Визуализация результатов NGS-эксперимента. Геномные браузеры


4.7 Взаимопревращение форматов данных. Набор утилит UCSC


4.8 Заключение

Taught by

Alexander Predeus

Reviews for Stepik's Введение в NGS. Часть 1
Based on 0 reviews

  • 5 star 0%
  • 4 star 0%
  • 3 star 0%
  • 2 star 0%
  • 1 star 0%

Did you take this course? Share your experience with other students.

Write a review

Class Central

Get personalized course recommendations, track subjects and courses with reminders, and more.

Sign up for free

Never stop learning Never Stop Learning!

Get personalized course recommendations, track subjects and courses with reminders, and more.