Class Central is learner-supported. When you buy through links on our site, we may earn an affiliate commission.

Online Course

Управление вычислениями

Bioinformatics Institute via Stepik

Overview

Технические аспекты анализа данных зачастую влияют на качество получаемых результатов. В последние годы в центре внимания находятся вопросы обеспечения воспроизводимости и автоматизации анализа – попытки воспроизвести результаты, полученные той или иной группой, часто проваливаются, а анализ больших массивов данных нередко проводится с использованием подручных средств.

Курс состоит из трех модулей, в которых рассматриваются Linux контейнеры и Docker (первый модуль), а также различные подходы к автоматизации процесса вычислений и инструменты, реализующие эти подходы (второй и третий модули). Использование этих инструментов позволяет сделать процесс анализа более воспроизводимым и эффективным.

 

Syllabus

Введение


1.1 Введение

Контейнеризация и Docker


2.1 Знакомство с Docker


2.2 Работа с файлами в контейнерах Docker


2.3 Взаимодействие контейнеров Docker


2.4 Работа с образами Docker


2.5 Технологические основы и роль контейнеризации

Workflows и Pipelines


3.1 Работа с данными и пайплайны


3.2 Инструменты пайплайнинга и подходы к описанию пайплайнов


3.3 Snakemake: имплицитное описание графа анализа


3.4 Snakemake: создание пайплайнов

Common Workflow Language


4.1 Знакомство с CWL


4.2 Описание инструментов с использованием CWL


4.3 CWL: полезные компоненты


4.4 CWL: создание пайплайнов

Заключение


5.1 Заключение

Taught by

Anton Bragin and Sergei Mozgov

Related Courses

Reviews

0.0 rating, based on 0 reviews

Start your review of Управление вычислениями

Class Central

Get personalized course recommendations, track subjects and courses with reminders, and more.

Sign up for free

Never stop learning Never Stop Learning!

Get personalized course recommendations, track subjects and courses with reminders, and more.

Sign up for free